BIOLOGOVÉ!!!!!

[Eleshar_Vermillion]

Četl jsem, že roztok proteinázy K by mohl fungovat k odvlasení koleček kancelářské židle.

a) je to pravda?
b) nepoškodí to kolečka?
c) kde se to dá sehnat?

[Vallun]

Krtek či něco takového (agresivní zásada - hydroxid...) udělá stejnou práci pdoobně bezpečně...

[OnGe]

Fyzikové na tohle berou nůžky.

[Eleshar_Vermillion]

Nůžky nefungují. U hydroxidu bych se bál, že to bude korodovat a kolečka se zaseknou o rez. Takhle alespoň luxují ty vlasy.

[Vallun]

Tak tam pak stříkni nějaký ochranný olej;) (WDčko ne, to uvolňuje, ale podobné, třeba MDčko)

[OnGe]

Nůžky nefungují. U hydroxidu bych se bál, že to bude korodovat a kolečka se zaseknou o rez. Takhle alespoň luxují ty vlasy.

Ty vlasy se motají kolem osy kola a to se pak blě otáčí, ne? Nůžkama se dostaneš k ose, vlasy přestřihneš a vytaháš. Chce to teda adekvátně malé nůžky, ne macka na živý plot.

S hydroxidem i jinou chemií bych se bál jednak že zkoroduje osa, jednak že to sežere ten plast.

[Faskal]

Teoreticky ano. Proteiny jsou degradovány pomocí enzymů, proteáz (proteináza=proteáza). Některé proteiny jsou extrémně obtížně degradovatelné, jako třeba keratin ve vlasech. Existuje ale systém kámen-nůžky-papír jako kdekoli jinde a některé specifické proteázy dokáží štěpit jinak obtížně štěpitelné proteiny, příkladem je například ta proteáza K, která je schopna štěpit právě keratin, odtud její název.

Ta reakce trvá poměrně dlouho, musel bys mít kolečka ponořené v kapalině, nejen, aby zůstaly vlhké, ale také, aby odštěpované produkty mohly difundovat ven, protože jinak by reakci inhibovaly. Budeš chtít lehce zásaditý roztok (pH * a přítomnost detergentu, například 0,5-1% SDS, a udržovat to po několik hodin v teplotě 40-50°C. Pro štěpení se používá proteináza K ve finální koncentraci 100μg/ml, koupit se dá třeba na Sigmě a dívám se, že nějaké hrubé izoláty nejsou ani tak drahé: 3,410.00 CZK za 250 mg**. Tohle by pro kolečka mělo být absolutně bezpečné, SDS je v kdejakém čisticím prostředku. Když nemáš proteázu K, dej pronázu.

Nicméně proteáza K je endoproteáza. Ta je dobrá v tom, že je schopna štěpit uvnitř proteinu, často na více místech zároveň a paralelně v celém vzorku. Komplementární k nim jsou exoproteázy, co štěpí od konce. Každý protein má dva různé konce a daná exoproteáza štěpí vždy jeden z nich. A pokud je ten konec nějak blokovaný, je exoproteáza nahraná. Nicméně exoproteázy jsou schopné sežrat protein celý, zatímco endoproteázy protein jenom rozkousnou na konkrétním místě. Při souhře endoproteáz a exoproteáz vytváří endoproteázy více volných konců a tím zefektivňují funkci exoproteáz. Při aplikaci proteázy K by se vlas zřejmě proměnil jenom v lepivý sliz a zůstal tam, kde je. Pro představu, někdo zkoušel likvidovat vlasy pomocí jiné proteázy, která je efektivnější než proteináza K a ukazuje výsledky z elektronové mikroskopie rozpouštěných vlasů, ty jsou jasně nahlodané. Bohužel není vidět výsledek na obyčejné misce, protože to zkoumali na černých vlasech a proteináza uvolňovala melanin z vlasů ***

... použít endoproteázy a exoproteázy dohromady jde ale poměrně komplikovaně, protože se žerou navzájem. Od toho máme při trávení více oblastí s různým pH, kde se oddělují různé třídy enzymů, případně v rámci buňky kompartmentalizaci, aby se tyto enzymy udržely od sebe.

* 8 a ano, vím, jak to napsat, aby se to nezobrazilo jako smajlík
** https://www.sigmaaldrich.com/catalog/pr ... &region=CZ
*** https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1271/bbb.56.1667

tl;dr
1) ano, proteináza K by opravdu vlasy rozkousala, byť zbytky vlasů bys stejně musel nějak dostat pryč
2) podmínky jsou pro kolečka určitě šetrné, na rozdíl třeba od toho louhu, co by zřejmě okousal kolečka
3) nahoře je nějaký odkaz. Je to hodně běžná látka, když jsme se s Fritzsem řešili nahoře izolaci DNA, proteináza K by mohla být jedna z možností, jak tu DNA vykousat z pelety, ale nedozvěděl jsem se, co má přesně za kmen, tak jsem to dál neřešil. Na ten projekt bych ze své bývalé práce snad nějakou vyžebral, bojím se, že na kolečka by to asi neklaplo

... jestli nepomohly nůžky, sežeň si od někoho, kdo háčkuje, vhodný nástroj a vyšťourej to.

[Sosacek]

Chapu to spravne, ze badyan je nejbliz lekninu ze suchozemskych kytek? Nebo se v tom stromu neorientuju?

[Klimbing]

Fylogenetická vzdálenost mezi dvěma druhy odpovídá stáří nejbližšího společného předka, takže k Nymphaeales (leknín) mají stejně daleko Austrobaileyales (badyáník) jako cokoliv z krytosemenných kromě Amborellales - viz diagram: https://cs.wikipedia.org/wiki/Ni%C5%BE% ... %BEn%C3%A9

[Sosacek]

To si nejsem jistej co znamena.

[Fritzs]

Jak vypadá na hostiteli nezávislá forma bdellovibrií barvená dle grama? Má mít nepravidelný tvar, ale víc nevím.

EDIT: sorry našel sem to.

[Faskal]

Sosáčku,
když se podíváš na strom na wikipedii (dávám odkaz přímo na podkapitolu ve článku, co postuje Klimbing)
https://cs.wikipedia.org/wiki/Ni%C5%BE% ... ch_rostlin

Tak vidíš oddělování jednotlivých skupin v rámci rostlin. Nejdřív se od společného předka oddělily
Amborellales (primitivní krytosemenné)
Leknínotvaré
Austrobaileyales (Badyán a kamarádi)
a pak se oddělily hlavní skupiny vyšších rostlin

Ve fylogenetickém stromu jsou blíž ty, co jsou příbuznější, tady je smůla, že nejde pod badyánem najít žádná konkrétní skupina, a protože došlo k rozštěpení, nepoznáš, která z těch podskupin je nejblíž. Tento stromeček ale není kalibrovaný, délka větví tedy neukazuje vzdálenost, jenom vztah.

Když se podíváš na původní publikaci, kde vztahy mají kalibrované, řekl bych... že taky těžko říct. Když se podíváš, kde se štěpí Austrobaileyales, tak jsou příšerně daleko od všeho. Správné je asi říct, že jsou o trochu víc nepříbuzné leknínům než všemu ostatnímu. Každopádně, kdyby byly nejblíž leknínům, tak ve stromečku spadnou k sobě, takže podle těchto dat nejspíš nejbližší nejsou.

Wikipedie vychází z An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, tedy grafu nahoře, což je v současnosti nejaktuálnější velké zpracování stromečku (2016). Strom není perfektní, dělení má být binární, pokud se někde dělí na tři části, tak to znamená, že se neví, a někde mají pomocí dvou čar vyznačenou neshodu jaderných a chloroplatových dat.

Jedna čínská skupina letos publikovala studii v Nature, kde tohle řeší*, a také jim vyšlo, že badyán spadá do sesterské skupiny k ostatním vyšším skupinám. Histroricky existuje parafyletická (evoluci-neodrážející) skupina ANA/ANITA grade primitivních kvetoucích rostlin, ale i tam je badyán řazen k modernějších rostlinám.

Tady je hezky vidět že skupina ANA (zeleně úplně dole) je parafyletická, tedy neodráží stromeček, a badyán do řady nepatří.

* https://www.nature.com/articles/s41586-019-1852-5

tl;dr
ne, badián je příbuznější modernějším kvetoucím rostlinám

[boubaque]

Sosáčku, jednoduše:

Nepříbuznější leknínovitým byl společný předek badyánu a (skoro) všech ostatních krytosemenných. Nedá se říct, který potomek tohohle společného předka je leknínovitým nejblíž, a to i přesto, že víme, že badyán(ovité) se z tohohle předka vydělily první. Z vývojového hlediska jsou leknínům příbuzné všechny stejně.

Řekněme trošku jednodušší příklad (ale nevím, jestli v detailech správný):
Z vývojového hlediska se nedá říct, jestli nejbližším příbuzným člověka je šimpanz učenlivý, nebo bonobo. Nejbližším příbuzným člověka (rod homo) by byl společný předek šimpanze učenlivého a šimpanze bonobo (rod pan), ale už nemá smysl určovat, který z dnešních šimpanzů je člověku příbuznější.

[Faskal]

Zapomněl jsem říct, že Bubák to říká správně.

Ale musí tady padnout, že kytky jsou dost prasata a při křížení dělají věci, o kterých by se nám, příčetným savcům, ani nesnilo. Když se občas nudím, tak se dívám, co nového v evoluci vína a vypadl na mě hezký článek o paleogenomice, tedy výzkumu prastaré DNA. Pro ilustraci a pro výstrahu zde odkládám zcela nepříčetný obrázek, který ale ve spodní části hezky ukazuje, jak složité křížení může být, zde na případu pšenice:


Různými barvami různí předkové, kteří přispěli do genofondu pšenice. Povšimněte si toho modrého hovada (ty tři barvičky mají být v poměru 1:1:1).

Až se někdy budu nudit, tak zdroj je zde:
Caroline Pont+ (2019) "Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA"
https://genomebiology.biomedcentral.com ... 019-1627-1

[Fritzs]

Máte někdo zkušenost s identifikací pseudomonas aeruginosa? Mám za to, že by to mělo zeleně barvit jenom speciální k tomu určené půdy, ale teď se mi objevilo jasně zelené zbarvení na obyčejném nutrient brooth (Himedia, MM244), a to jak v tekutém médiu, tak na agarové plotně.