Covid-19

O nás, o lidech, o okolním světě. Všechna témata, která se netýkají her, patří do této sekce. Zapomeňme chvíli na RPG a pojďme předstírat, že jsme normální lidé.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
komi
Příspěvky: 403
Registrován: 17. 8. 2012, 19:07

Covid-19

Příspěvek od komi » 28. 1. 2020, 12:08

Jako nevzdělanec bych tu měla zase jeden dotaz.

Jak je vlastně těžké a časově náročné naučit se v laboratoři detekovat jeden konkrétní virus? Třeba jak s tím novým koronavirem. A jak to vlastně funguje? Je potřeba znát komplet DNA nebo nějaké její významné kousky? Předpokládám, že se u podezřelých nemocných detekuje přímo ten virus a ne protilátka, kterou si tělo může vytvořit až mnohem později.

Vzniklo spojením debaty z biologů a z bizáru.
Faskal

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 28. 1. 2020, 13:36

Záleží, jestli víš, tušíš, nebo netušíš. Pokud nemáš ideální podmínky (tj. nemáš kýbl viru pro analýzu), ale maximální prioritu, pozornost celého týmu a jeden dobrý a dost velký vzorek (odtud časy), pak pomocí molekulární biologie na první dobrou...

1) Když víš a znáš sekvenci, potřebuješ mít kousky DNA, které se nachází v cílové DNA, tzv. primery. Pokud máš štěstí, můžeš použít primery na příbuzný vir, když máš smůlu, virus zamutoval a nemusí fungovat ani primery na jiný kmen stejného viru a je potřeba sekvenci získat metodou 2) nebo 3)

Připravit si primery je poměrně jednoduché, syntéza se dá udělat relativně rychle (to jsem nikdy nedělal, odhaduju hodiny), pokud máš přístoj na stole, případě se dá objednat komerčně, to trvá týden až pár týdnů.
Samotná analýza trvá zhruba hodinu s jednoduchou přípravou vzorku a vyhodnocením, když to má být bezpečné a reproducibilní, tak řekněme hodiny.
Pokud je to náhodou RNA virus (jako je například koronavirus), potřebuješ RNA nejdřív převést na DNA, přidej tak hodinu.

Samozřejmě je nezbytné, aby pacient ten virus měl v detekovatelném množství, tak může být potřeba počkat, až se začne množit. Metoda je ale hodně citlivá.

Tahle metoda jde použít, pokud nevíš, co je ve vzorku za vir, ale očekáváš, že tam bude nějaký, co bys čekala.

2) Pokud tušíš, máš třeba podle příznaků představu o tom, co to může být za typ a jak jej izolovat, musíš jej identifikovat, to znamená zaklonovat aspoň jeho kousky a ty kousky přečíst. To klasickými metodami trvá do týdne, pokud všechno jde dobře. Pokud je virus jednosegmentový, při troše štěstí se podaří jej chytit celý najednou, pokud je velký, divný nebo vícesegmentový, je potřeba pokračovat v klonování. Z prvotního přečtení můžeš buď rovnou navrhnout primery pro přístup 1) nebo klonovací strategii pro identifikaci celého viru. Pokud je to RNA virus, přidej hodinu.

Tohle ale je dost dřevní metoda. Může být ale nezbytná, pokud je to nějaký úplně neznámý virus.

3) Pokud netušíš, viru je extrémně málo, ale máš jednak dobrou laborku, hodně peněz a žiješ v současnosti, nabízí se rovnou použít hluboké sekvenování - vezme se vzorek a přečte se komplet veškerá genetická informace, co tam je. Pokud nevíš, jestli je virus RNA nebo DNA, sjeď jen RNA a uvidíš (pokud je virus aktivní). Z výsledků můžeš rovnou navrhnout primery pro přístup 1). Pokud jsi našla něco dost podobného něčemu známému, máš hotovo, pokud je to divné, ale máš kvalitní vzorek, taky hotovo, jinak máš informace pro přístup 2)
Příprava vzorku trvá typicky hodiny, běh stroje tak půlden, den (s tímhle nemám zkušenosti).

... pokud máš kýbl viru, což může trvat týdny, měsíce nebo roky pro vychození metodiky pěstování a/nebo izolace, pomocí přístupu 2/3 to dokážeš snadno přečíst. Při napěstování je taky možné charakterizovat chování viru, ale ne vždy může být takový virus snadno kultivovatelný.
Pokud máš kusy viru (ať už nukleovou kyselinu nebo proteiny), je možné osekvenovat je vyvinout buď primery pro 1) nebo klonovací přístup pro 2)

....
Tolik obecný rant, teď konkrétně současný koronavirus. Číňani*...
- nejdřív si všimli, že lidi mají nějaké abnormální dýchací problémy.
- pak izolovali veškerou nukleovou kyselinu z výplachu plic, vyčistili ji a metodou 1 otestovali přítomnost 18 virů a 4 bakterií, co by mohly způsobovat plicní problémy, ale nic nenašli. Tohle začali December 30, 2019
- metodou 3 přečetli veškerou genetickou informaci ve vzorku a našli koronavirus, v mezinárodní databázi je to nahrané 05-JAN-2020, genom viru byl úspěšně přečtený asi jenom ze 2/3, nakonec zbytek rozlouskli metodou 3) a nemuseli se drbat s klonováním metodou 2)
- vyvinuli primery použitelné pro metodu 1 a tou dál testovali podezřelé z nákazy. Není mi podle článku jasné, jak rychle tohle vyvinuli, ale WHO podle jejich informací publikovala svoje instrukce 15 January 2020
- napěstovali virus na buňkách dýchací soustavy a pozorovali na nich virus pomocí elektronové mikroskopie. Buňky nejdřív rozpěstovali 4-6 týdnů do současné podoby, což museli mít předpřipravené na nějaký výzkum, pak buňky infikovali a následně "3x zpasážovali". Nepíšou, jak dlouho to bylo, tipl bych si dohromady týden a půl. Může být trochu míň, může být výrazně víc.
- metodu 2), kterou mě na virologii drtili v době, kdy byla metoda 3) ještě v plenkách, vůbec nepoužili
- nakonec se pochválili, že umí pěstovat ty buňky dýchací soustavy v pěkné, fyziologické podobě, díky čemuž byli schopni ten virus napěstovat a identifikovat.

* https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2001017

- WHO dalo instrukce na testování. První verze (ta, co jsem četl), je založená real-time PCR (dá výsledky už v průběhu analýzy, tedy už od málo desítek minut po spuštění stroje). Používají primery, které jsou navržené do oblastí sdílené u SARS, netopýřích koronavirů i současného koronaviru.
https://www.who.int/health-topics/coron ... oronavirus

tl; dr
identifikovat vir a navrhnout metodu pro detekci trvalo odhadem týden.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
komi
Příspěvky: 403
Registrován: 17. 8. 2012, 19:07

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od komi » 28. 1. 2020, 14:15

Díky, to je docela superrychlost.

Myslím tvé odpovědi i vývoj metody na detekci.

A ještě tedy jedna otázka: Co je pak potřeba na to, aby šlo udělat nějaký skoro okamžitý levný detektor třeba jako je streptest či detektor na malárii. https://en.wikipedia.org/wiki/Rapid_antigen_test Tj. jakože hodím do vzorku protilátky a pak nějak zobrazím, kolik se toho nalepilo.
?

Nikdy nevěř jeskyňkám a Komi ... jen jednu otázku se zeptáme, jen se přivzděláme a hned zase půjdeme

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 28. 1. 2020, 14:28

Dobrou protilátku. Produkovat protilátky je dost věda, nakousli jsme to vedle ve warez.

To může trvat měsíce, roky nebo věčně, protože produkce protilátek spočívá v náhodném generování variant.

Alternativně by to mohlo jít přes aptamery, tedy kusy DNA/RNA, co se chovají podobně jako protilátka a něco specificky rozeznávají, ale to má ten samý problém, náhodu.

Hudbou (možná relativně blízké) budoucnosti je miniaturizace sekvenování nové generace na destičku, kdy se takhle rychle bude dělat sekvenování (metoda 3).

Edit:
Tak se dívám, že jsme se s pokrokem sekvenování zasekli. Chtělo by to ty sekvenační mikročipy rozjet 8)
Obrázek
Cena za sekvenaci lidského genomu.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Sosacek
Příspěvky: 22670
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Sosacek » 28. 1. 2020, 22:38

Nevite, jestli je jeste otevrene letiste na Madagaskaru?
The king is dead, all jail the king!

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 29. 1. 2020, 15:47

... problém s tímto virem je, že je v Číně, takže toho moc nevíme. Zdá se, že se šíří o něco málo víc než SARS a je na něj podstatně menší úmrtnost než na SARS (což je pořád dost špatné), ale neví se, nakolik přesná jsou hlášení. Internetem se šíří nějaké apokalyptické zprávy o extrémně vysoké infekčnosti a tomu, že mutuje, ale ani jedno vážnější zdroje nepotvrzují.

První oficiální vyjádření (soudím podle článku, co jsem citoval posledně) vyšlo poměrně pozdě, až 2019-12-31, a moc se v něm neříká, soudě podle google translatoru. Nejzajímavější je na tom to datum, které náhodou odpovídá dnu, kdy dorazila kavalerie z China CDC a začalo se to konečně řešit.

Zábavný fakt - víte, proč se španělské chřipce říká španělská? Doboví cenzoři ke konci první světové zakazovali psát o chřipce ve svých zemích, ale dovolovali psát o chudácích v neutrálním Španělsku, co ji měli taky.
Wuhan Městské zdravotnictví a zdravotnictví Komise briefing o současné pneumonie epidemie situace v našem městě
Publikováno: Wuhan Municipal Health Commission | Vydáno: 2019-12-31 13:38:05 | Zobrazení: 348638 | Velikost písma: Velká Střední Malá

Nedávno některé zdravotnické instituce zjistily, že mnoho obdržených případů pneumonie se týkalo Jihočínského mořského města a po obdržení zprávy Městská zdravotnická a zdravotní komise okamžitě zahájila vyhledávání případů a retrospektivní vyšetřování týkající se jihočínského mořského města v lékařských a zdravotnických zařízeních města. Bylo nalezeno dvacet sedm případů, z nichž 7 je ve vážném stavu a zbývající případy jsou stabilní a kontrolovatelné. Očekává se, že v blízké budoucnosti budou propuštěni dva pacienti. Klinické projevy těchto případů byly hlavně horečka, několik pacientů mělo potíže s dýcháním a rentgenové snímky hrudníku vykazovaly oboustranné léze infiltrace plic. V současné době jsou všechny případy izolované pro léčbu, pokračují vyšetřovací a lékařská pozorování blízkých kontaktů a probíhá vyšetřování hygieny a likvidace životního prostředí v jihočínském městě mořských plodů.

Wuhan organizoval konzultace s klinickými lékařskými, epidemiologickými a virologickými odborníky z nemocnice Tongji, provinčního CDC, virologického institutu Wuhan, čínské akademie věd, nemocnice Wuhan Infectious Diseases Hospital a Wuhan CDC. Podle analýzy epidemiologických zkoušek a předběžných laboratorních testů jsou výše uvedené případy považovány za virovou pneumonii. Dosavadní vyšetřování nezjistilo žádný zjevný přenos z člověka na člověka a žádnou infekci zdravotnického personálu. Probíhá detekce patogenu a zkoumání příčiny infekce.

Virová pneumonie je častější v zimě a na jaře a může se šířit nebo propuknout. Klinickými projevy jsou horečka, bolestivost, dušnost v malé části a infiltrace plic. Virová pneumonie souvisí s virulencí viru, cestou infekce a věkem a imunitním stavem hostitele. Viry, které způsobují virovou pneumonii, jsou běžné u chřipkových virů, jiné jsou viry parainfluenzy, cytomegaloviry, adenoviry, rinoviry a koronaviry. Potvrzení závisí na patogenních testech, včetně izolace viru, sérologických testů a testů na virový antigen a nukleové kyseliny. Nemoc je možné předcházet a lze ji regulovat a zabránit cirkulaci vzduchu uvnitř, aby se zabránilo veřejným a uzavřeným místům, kde nedochází k cirkulaci vzduchu. Symptomatická léčba je hlavní klinickou praxí a je nutný klid na lůžku. Pokud máte výše uvedené příznaky, zejména přetrvávající horečku, měli byste včas navštívit zdravotnické zařízení.

31. prosince 2019

* https://apps.who.int/iris/bitstream/han ... sAllowed=y
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 2. 2. 2020, 12:20

africanews.com (31/01): "RwandAir, Air Madagascar, Air Mauritus and Royal Air Maroc have also suspended flights to mainland China"

FYI
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 14853
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Covid-19-presun

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 17. 2. 2020, 21:18

V souvislosti s epidemií SARS 2 jsem koukal na nějaké články o tradiční čínské medicíně (kterou čínská vláda na léčbu epidemie propaguje). Vyrozuměl jsem správně, že

a) Valná většina studií účinnosti TČM existuje pouze v čínských zdrojích
b) Západní studie do čínských zdrojů vesměs moc nekoukají (nejspíš kvůli jazykové bariéře)
c) Západní studie účinnost TČM významně zpochybňují
d) Čínské studie účinnost TČM významně prokazují
e) Západní metastudie těch několika čínských studií prohlašují tyto buď za chybné nebo zfalšované
f) Tradiční čínská medicína neměla ve světě konkurenci do nějakého 17.-18. století, ale protože za ní není vědecká metoda a striktní empirismus, tak se víceméně zasekla ve vývoji a její výsledky jsou víceméně nahodilé

?
DIE FOR THE DOW!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
OnGe
malý zelený křečopažout
Příspěvky: 12180
Registrován: 5. 2. 2010, 09:27
Bydliště: Prdelná lhota (čti Praha)
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od OnGe » 17. 2. 2020, 21:57

Ono je několik tradičních číských medicín. Jedna je ta tradiční, co dělali tisíc let. Pak je jedna, co zavedl Mao, protože nebyly skutečné léky (protože nebylo nic). Velmi pravděpodobně bude ještě několik verzí mezi tím a mimo to.
Punk is dead, long live the shit!

výběr z vlastní zahrádky:



:idea: RPG kuchyně: 2010 - 2013 - 2017
:?: Horní progressbar - to se budete divit... možná
:?: Dolní progressbar - dávám tomu rok... maximálně dva

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 18. 2. 2020, 00:29

Z mého dojmu:
a ano
b neplatí pro běžnou vědu(tm), která často není špatná; veškerá vážně myšlená vědecká literatura je v dnes angličtině. TČM ale západní literatura vesměs ignoruje.
c+d ano
e ano. S anekdotickou poznámkou, že se několikrát ukázalo, že tradiční čínská medicína velmi dobře funguje, protože ji často pančují aspirinem/jinými účinnými látkami
f viz Onge. Dnes se člověk setká z velké části s tou "moderní" TČM
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Sosacek
Příspěvky: 22670
Registrován: 14. 7. 2004, 19:30

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Sosacek » 28. 2. 2020, 23:37

Proteazove inhibitory? Zeby? Hm.
The king is dead, all jail the king!

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5600
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 29. 2. 2020, 10:22

PMSF?
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8438
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 29. 2. 2020, 10:28

Proteázové inhibitory, tedy inhibitory proteáz - enzymů, co štěpí proteiny (nedávno jsme diskutovali proteázu K), mají řadu použití.
V kontextu současné epidemie Covir-19 jsou potenciálním lékem.

Při boji proti bakteriím je snadné vyvinout antibiotika. Bakterie jsou dramaticky jiné než my a poměrně složité, takže existuje řada cílů, které je možné terapeuticky ovlivňovat. Že existuje jenom poměrně omezené množství tříd antibiotik a díky tomu je možné proti nim snadno vyvíjet resistenci, je věc druhá.
Při boji proti virům také platí, že viry jsou dramaticky jiné než my, ale jsou extrémně jednoduché, takže cílů, na které je možné zamířit, je relativně málo. V podstatě se nabízí tři hlavní cíle:

1) Viry jsou agresivní a při své replikaci nehledí nalevo ani napravo. Pokud se jim nabídnou analogy nukleových kyselin, nad kterými by slušný organismus ohrnul nos, tak je inkorporují do svého genomu. Pokud je ten analog šikovně připravený tak, že přeruší syntézu vlákna, je po viru.
2) Viry jsou typicky hodně minimalistické a maximálně úsporné. Slušný organismus se snaží být co nejvíc efektivní a reguluje co nejdříve ve výrobním procesu, viry na to nehledí a nechávají regulaci až na poslední chvíli - tedy do fáze proteinů. Řada virů nekóduje své geny zvlášť, každý pečlivě a nezávisle regulovaný, ale hodí je do souvislých hromad, ze které je následně vyštípe pomocí proteáz. Extrémistické viry mají dokonce proteázu v jedné molekule s ostatními virovými složkami, proteáza musí nejdřív osvobodit sebe a pak odštípá ostatní komponenty. Tohle není univerzální, ale velmi běžné.
3) Viry se musí nějak dostat do buňky a na to mají aparát na svém povrchu. Proti tomu je možné zacílit protilátky.

Proti všem třem slabým místům se v současnosti u koronaviru vyvíjí léčba. V případě prvních dvou odrážek je možné vyzkoušet už existující léky vyvinuté proti jiným virům, protože i když je vir nepříbuzný, lék proti němu může zabrat na jiný virus, protože konvergentní evoluce vede k vytváření podobných struktur a chemie proteáz neumožňuje moc velkou kreativitu - pokud jsou proteázy stejného typu, je pravděpodobné, že na ně budou zabírat stejné inhibitory. Postup z třetí odrážky je ale nutné vyvinout od píky pro každý virus zvlášť.

Že zabírá/může zabírat lék proti HIV i na SARS-CoV-2 vyvolalo řadu konspiračních teorií, ale oba viry jednoduše používají podobnou strategii komprese genomu.

Důsledným výzkumem je pak možno najít nějakou zvláštnůstku daného viru (my jste třeba dělali na IRES hepatitidy C, než proti tomu někdo našel lék) a hledat slabé místo tam, ale pokud o viru člověk moc neví, nabízí se prakticky univerzálně možnost zkusit 1 a 3, a velmi často 2, protože je velká šance, že tento přístup zabere.

...

PMSF je příklad proteázového inhibitoru, ale je jedovatý jak sviň - my také používáme proteázy* na ledasco, mimo jiné při přenosu vzruchů na neuronech, přesněji pro ukončení tohoto přenosu na synapsi mezi neurony. Proteázové inhibitory vyvinuté proti známým virům mají tu výhodu, že máme vyzkoušené, že neinhibují naše enzymy.

*Edit - tady jsem měl špatně napsané "proteázové inhibitory", pochopitelně používáme proteázy a proto jsou proteázové inhibitory jedovaté. Proteázové inhibitory teda máme taky.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5600
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 29. 2. 2020, 11:02

Nedošlo mi, že jde o covid-19. PMSF je sviňa, inhibuje oficiálně serinové proteasy a proto se rutinně používá při přípravě proteinů, ale bohužel inhibuje i kdeco dalšího, což může být problém například při stanovení enzymatické aktivity.
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 14853
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 1. 3. 2020, 15:18

Jak moc dává tento článek smysl?
https://www.realclearscience.com/blog/2 ... virus.html
DIE FOR THE DOW!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Odpovědět

Zpět na „Rozličný pokec“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Log 1=0 a 6 hostů