BIOLOGOVÉ!!!!!

O lidech, o vztazích, o politice, o názorech, o opicích a o ufonech.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 3. 10. 2019, 12:28

Jak na co. Jestli chceš moc kvalitní DNA na biochemii, alkalickou metodu nic nepřebije.
Jestli ji chceš do buněk a potřebuješ ji bez endotoxinů, tak nějaký kit. Jaký, to je otázka za milion.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5532
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 3. 10. 2019, 12:43

Bude třeba na PCR kvůli potvrzení přítomnosti konkrétního genu v daném kmenu. Neměla by být sešrotovaná, ale nemusí být úplně super.
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 3. 10. 2019, 13:15

Záleží, kolik máš peněz. Pokud dost, jdi do nějakého kitu. Pokud ne a potřebuješ toho hodně paralelně, tak mám výborné zkušenosti s miniprepy, laborantky to jezdí po stovkách denně (jde 2x24 kolonií na jeden run s dvojicí standardních stolních centrifug, což je bottleneck). Je to na PCR, ale klonuju z toho nerad, protože je to potenciálně dost špinavé.
https://openwetware.org/wiki/Miniprep/K ... t_protocol
(používáme půlku lysozymu a jde to obstojně i bez něj, a nevaříme, ale inkubujeme 2 minuty/95°C v bločku. Z tekuté kultury to dává lepší výsledky, ale většinou seškrabáváme čtverec 2x2 centimetry z misky, chce to čerstvé buňky. Máme různé kmeny E.Coli.)

Pokud nemáš dost peněz a chceš analyzovat jednu konkrétní kolonii, chceš hodně DNA a potřebuješ ji mít v čistotě na biochemii (PCR, klonování, ... ale ne sekvenování, to jezdíme vždy nějakým kitem), je ale podstatně delší a podstatně hůř se paralelizuje (tak 8 na jeden run a je to na den a půl práce. A je to toxické kvůli fenolu)
https://openwetware.org/wiki/Maxiprep_o ... om_E._coli
(lysozym nepoužíváme a na konci srážíme octanem sodným místo lithium chloridu. A říkáme tomu midiprep. Nechodí z toho moc dobře sekvenace, ale na dlouhodobé uchovávání je to stabilnější než většina kitů)
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5532
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 3. 10. 2019, 15:38

Dík. Nevím jak bych to paralerizoval, anžto tam budu dělat sám ale první miniprep vypadá dobře. Jenom budeme muset nakoupit/nakrást chemikálie. Používáš i kity?
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 3. 10. 2019, 22:08

Paralelizovat to můžeš tak, že jich budeš dělat zároveň vedle sebe několik 8)
Nepochopil jsem, jestli ten gen potřebuješ ověřit v jednom jedinci z kmenu nebo ten kmen testovat rutinně.
Kitů jsem prošel řadu, ale už dávno, takže...

Počkat.
Sorry, radím ti možná špatně, omlouvám se. Ten gen má být na "chromozomálce", co? Octan draselný by jej v tom případě poslal do pelety u obou protokolů. Kdyžtak se zamyslím.

Nebo mi to potvrď (a pokud to není tajné, řekni, co máte za kmen), já se zeptám v (bývalé, heh) práci, protože poslední roky jsem pracoval s proteiny a ne DNA, tak jsem dost zrezl.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5532
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 4. 10. 2019, 12:08

Faskal píše:
3. 10. 2019, 22:08
Nebo mi to potvrď (a pokud to není tajné, řekni, co máte za kmen), já se zeptám v (bývalé, heh) práci, protože poslední roky jsem pracoval s proteiny a ne DNA, tak jsem dost zrezl.
Já to mám stejně, proto se ptám. Tajný to asi není, ale ruku do ohně bych za to nedal, takže se zvoptám. Jo na chromozomu je, což mě překavapuje neboť jsem měl za to, že je na plazmidu.
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 27102
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun » 18. 11. 2019, 10:08

Faskale, může, prosím, něco k tomuhle:

https://morezprav.cz/svetodeni/dna-afri ... ecQzmFXskQ

Server je to maximálně pochybný, ale téma docela zajímavé...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 18. 11. 2019, 10:39

Těžko říct, osekvenovat genom je jedna věc, tady si hrají se statistikou, což není moje parketa. "Our method combines weakly informative signals across a wide range of statistics to create a more powerful predictor." *krčení rameny*
Zatím to neprošlo přes peer-review, takže je potřeba počkat, než někdo vytvoří názor, který bych mohl zastávat.

Ve zkratce, našli u jedné z Afrických populací přimíchaný genom, který nepoznávají. To není zas tak neobvyklé, až dlouho po osekvenování tisíce genomů jsme si všimli (či lépe - dokázali jednoznačně dokázat), že Evropská populace je promíchaná s neandrtálským genomem (kolem 2% našeho genomu) a část Asijské s Denisovanským.
Tady vidí až 8%, kterou nemůžou nikam zařadit. Podle své diskuze ale pořád nemůžou bezpečně vyloučit, že jsou to třeba neandrtálci, nicméně zřejmě nebudou.

Není to první studie na toto téma, více podobných skupin nachází známky nějakého předchůdce člověka či hodně vzdálené skupiny, která se přimísila do moderního genomu (minimálně u některých Afrických populací) cca před 500 tisíci lety. Předpokládá se*, že k tomu skutečně došlo, ale v tuto chvíli o tom můžeme spíše spekulovat, protože nemáme zmapovaný lidský genom po Africe, který je mnohem více variabilní než ve zbytku světa. Pokud chceme vědět víc o minulosti, bude nutné nejdřív zmapovat současnou diverzitu.


* https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6598360/
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 27102
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun » 18. 11. 2019, 10:58

díky:)
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 14699
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 2. 12. 2019, 20:23

Je nějaká seriosní substance za pojmem afantasie, tedy neschopnost visualisace?
DIE FOR THE DOW!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 2. 12. 2019, 21:01

Je to termín zavedený roku 2015 Adamem Zemanem. K dnešnímu dni vidím v databázi devět studií s tímto klíčovým slovem, a většina jsou komentáře původního článku, tak to moc prozkoumané není.

Zeman* píše
že popsal případ člověka s nějakým infarktem či čím, který eventuálně ztratil schopnost si představovat věci. Tuto studii následně popularizoval, načež se mu ozvali další lidi.
"The participants described here were self-selected and some of our findings, such as the male predominance, may reflect the readership of a science magazine like Discover. There is a need, therefore, for further study in a more representative sample. "

U nich udělal dotazník, a dozvěděl se věci, jako
"19/21 were male. 5/21 reported affected relatives. 10/21 reported that all modalities of imagery were affected. Despite their substantial (9/12) or complete (12/21) deficit in voluntary visual imagery, the majority of participantsdescribed involuntary imagery during wakefulness(usually in the form of ‘flashes’(10/21))and/or during dreams (17/21). Within the group of participants who reported no imagery while completing the Vividness of Visual Imagery Questionnaire,10/11 reported involuntary imagery during wakefulness and/or dreams, confirming a significant dissociation between voluntary and involuntary imagery (McNemar Test p<.01)."
... zajímavé mi tam přijde, že většina není schopna si cíleně vizualizovat věci, ale dělá to podvědomě či ve snech.

2018 vyšla studie**, kde si odchytli jednu takovou ženu a udělali na ní psychologické testy. Soudě podle abstraktu:
"We find that she performs significantly worse than controls on the most difficult (i.e., requiring the highest degree of precision) visual working memory trials. Surprisingly, her performance on a task designed to involve mental imagery did not differ from controls', although she lacked metacognitive insight into her performance. "

2018 vyšla další studie***
"Unlike, the general population, experimentally naive aphantasics showed almost no imagery-based rivalry priming. Aphantasic participants' self-rated visual object imagery was significantly below average, however their spatial imagery scores were above average. These data suggest that aphantasia is a condition involving a lack of sensory and phenomenal imagery, and not a lack of metacognition. "
Která popírá předchozí studii, že takoví jedinci nemají metakognici.

2019 vyšla obsáhlá studie shrnující, co se o tom ví, je to dlouhé a vypadá to zajímavé, pro nadšence dávám do přílohy

* https://www.research.ed.ac.uk/portal/fi ... magery.pdf
** https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29150139
*** https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29175093

tl;dr
ano
Přílohy
pearson2019.pdf
(2.3 MiB) Staženo 1 x
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 14699
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 2. 12. 2019, 21:38

Takže asi představa o tom, kterak to může být ovlivněno tím, že tyhle věci se lidem dost obtížně verbalisují, asi neexistuje?
DIE FOR THE DOW!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 2. 12. 2019, 21:47

Review tvrdí, že tím to není. Byly pochyby, že je to právě kvůli tomu, od toho mimo jiné debata o metakognici; zřejmě je problém hlouběji. Funkční magnetická rezonance a jiné techniky černé magie ukazují na různé oblasti mozku, které se chovají jinak u lidí s afantazií, ale review mi nedává nějaké přímočaré vysvětlení.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Uživatelský avatar
Eleshar_Vermillion
černá eminence
Příspěvky: 14699
Registrován: 18. 6. 2003, 21:31
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Eleshar_Vermillion » 2. 12. 2019, 21:53

Aha, takže tohle znamenaly ty narážky na metakognici, zajímavé. Ale studie, která se zabývá specifickou tou metakognicí v kontextu afantasie, je pouze jediná? Takže fakt pole neorané, hm...
DIE FOR THE DOW!
\\[T]// PRAISE THE SUN! \\[T]//

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 8316
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 2. 12. 2019, 22:18

Ty studie citované nahoře se zabývají těmi, co mají úplnou afantazii, ale existují i další studie provedené před tím, než se to takhle pojmenovalo.
Review:
"Initially, it was unclear if aphantasia was more of an issue of imagery reporting, in that people with aphantasia might still have func­tional imagery, but not be aware of it or have a differ­ent criterion for reporting it. However, recent research goes beyond subjective self­ reports of aphantasia and has shown that, along with floor scores on imagery questionnaires, people with aphantasia score signifi­cantly lower on the sensory binocular rivalry measure of visual imagery50(Box 2); in other words, the sensory strength of their imagery is also lacking, suggesting that aphantasia is more than poor metacognition of visual imagery."
... lidi s anafantazií mají i snížené senzorické schopnosti

Box2:
"in 2008, we published the first work showing how you could use a visual illusion, called binocular rivalry, to measure imagery. this technique involves randomly cuing an individual to imagine a coloured object before a brief rivalry presentation. the content of the imagery primes dominance in the rivalry illusion in a manner that reflects the imagery vividness both on a trial- by-trial and individual differences basis74,83. importantly, this technique works even when a cognitively demanding task is added between the imagery period and the rivalry presentation. this technique can be made even more objective, in terms of removing direct subjective reports, by measuring rivalry dominance with an embedded probe task138. In this case, rivalry dominance is assessed using an embedded probe task, where the probe is easier to detect when it is embedded in the dominant rivalry pattern, and then the influence of imagery on rivalry can be determined by the level of probe detection. using such a performance- based dependent variable instead of rivalry dominance reports means that imagery can be measured without any subjective reports."

Těch metod, jak to objektivně měřit, je víc, na wikipedii mají jednu z hezkých variací na binokulární rivalitu:
Obrázek
V kontextu afantazie se pochopitelně používá varianta, kde si člověk něco představuje a pak se mu ukáže něco konfliktního, načež se měří jeho reakce.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.

Odpovědět

Zpět na „Realita a pseudorealita“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 3 hosti