BIOLOGOVÉ!!!!!

O lidech, o vztazích, o politice, o názorech, o opicích a o ufonech.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 17. 7. 2019, 15:20

To dost záleží. Z jedné strany kde publikuješ, protože různé časopisy mají různé požadavky, z druhé strany odkud publikuješ, protože různé instituce mají jiná očekávání, kdo bude napsaný mezi autory. V praxi je to hlavně otázka dohody, a pokud ne dohody, tak těch právníků.

K druhému bodu - v Norsku jsou hodně přísní na to, aby autor byl jenom ten, kdo opravdu udělal práci a mračí se na to, že mezi autory má být můj šéf, který s výzkumem samotným ale nic společného nemá, jestli jako nestačí, když se uvede grant, ze kterého mě platil; v Praze je pozdvižení, v čem je problém, protože samozřejmě, že tam bude napsaný, protože je můj šéf a platil mi můj mrzký žold. Osobně mám takový dojem, že je u nás běžnější uměle zvyšovat počet autorů, protože 1) publikační činnost je slabší a když už má něco vyjít, tak dvakrát víc autorů je dvakrát víc zaškrtaných kolonek, 2) panuje všeobecný názor*, že publikační činnost je u nás objektivně těžší, a člověk potřebuje zmínit nějakého už zavedeného pohlavára mezi autory, aby byla vůbec šance prolomit publikační bariéru.

K prvnímu bodu, zrovna sepisuju jeden článek do plos one a tam jsou tahle pravidla:
https://journals.plos.org/plosone/s/authorship
to hlavní píše:Qualifying for Authorship

Authorship criteria is based on the International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals.

The ICMJE lists four conditions for authorship credit. Authors must meet all four conditions in order to be listed.

Substantial contributions to conception and design, acquisition of data, or analysis and interpretation of data, and
Drafting the article or revising it critically for important intellectual content, and
Final approval of the version to be published, and
Agreement to be accountable for all aspects of the work in ensuring that questions related to the accuracy or integrity of any part of the work are appropriately investigated and resolved.
A jeden do Scientific reports, kde chtějí tohle:
https://www.nature.com/srep/journal-pol ... sibilities
To důležité píše:Being an author

Authorship provides credit for a researcher’s contributions to a study and carries accountability. Authors are expected to fulfil the criteria below (adapted from McNutt et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, Feb 2018, 201715374; DOI: 10.1073/pnas.1715374115; licensed under CC BY 4.0):

Each author is expected to have made substantial contributions to the conception or design of the work; or the acquisition, analysis, or interpretation of data; or the creation of new software used in the work; or have drafted the work or substantively revised it

AND to have approved the submitted version (and any substantially modified version that involves the author's contribution to the study);

AND to have agreed both to be personally accountable for the author's own contributions and to ensure that questions related to the accuracy or integrity of any part of the work, even ones in which the author was not personally involved, are appropriately investigated, resolved, and the resolution documented in the literature.
Tak se dívám, že to mají přes jeden mustr

* znáte to. Nějaké studie na pozůstatek železné opony ve vědě jsou, tady je nějaká studie na podobné téma z devadesátých let, ale je bohatě citovaná i v recentnějším období, tak si to třeba někdy přečtu: https://journals.sagepub.com/doi/10.117 ... 5025004002
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 25877
Registrován: 14. 5. 2008, 09:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun » 17. 7. 2019, 16:04

Aha, díky...

Jde o to, že zřejmě vynechali osobu, která odvedla větsinu prace u mikroskopu, ale na textu članku se podílela v rozsahu neprokazatelném, spíše minimálním...což se zdá, ze tedy není zcela zjevně špatně...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 17. 7. 2019, 16:22

To je ještě trošku jiný problém, pokud má autor pocit, že byl odrbán, je tady ještě možnost si stěžovat u časopisu, že mu ukradli data. Pokud je schopný doložit, že má primární data, ze kterých se vycházelo, může napsat editorům časopisu a oni mají možnost článek stáhnout a nejspíš to udělají, pokud uznají, že je to opodstatněné (nebo můžou nabídnout v erratech člověka dopsat).

Text článku osoba generovat nemusela, ten druhý bod znamená kriticky přečíst a schválit.

Samozřejmě, je tady otázka, kolik práce bylo uděláno a taky, jaká byla dohoda ohledně spoluautorství. Třeba laboranti dělají ohromné množství práce, ale v některých laboratořích se píší jako spoluautoři, někde jsou jenom v poděkování.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 17. 7. 2019, 18:43

Oprava:
...tak ten PLOS one by jim napsal, ať si to vyřeší sami. A kdyby si autoři nevyřešili a chtěli, aby to časopis vyřešil za ně, tak časopis napíše instituci autorů, ať to vyřeší.
Authorship issues identified after publication may result in a correction. In the case of an authorship dispute, the journal will not arbitrate. If the authors are unable to resolve the dispute themselves, we will raise the issue with the authors’ institution(s) and abide by its guidelines.
Pokud by se domluvili na změně autorů před publikací, byla by potřeba jenom odeslat dost mailů, ale problém s tím není, pokud by chtěli změnit až po publikování, vydala by se nová verze jako opravná.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 25877
Registrován: 14. 5. 2008, 09:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun » 17. 7. 2019, 20:27

Díky...:/ my jsme v pozici te instituce zaměstnávající autory, takže žádný med...:/
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5295
Registrován: 9. 5. 2005, 20:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 18. 7. 2019, 12:44

Dělala na mikrosopu? Dělala. Napsala tam něco, byť jen odstavec? Napsala. Jak zdůvodňuje protistrana její neuvedení mezi autory?
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 25877
Registrován: 14. 5. 2008, 09:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun » 18. 7. 2019, 12:51

Fritzs:
Ano.
Určitě ne.
Nijak, zatím.

Podle toho, co citoval Faskal, za což ještě jednou děkuji, je to zmínění v poděkování na místě. Ale samozrejmě se věc dále koume...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.

Uživatelský avatar
Invictus
Nerozhodný volič
Příspěvky: 7138
Registrován: 21. 11. 2005, 02:33
Bydliště: Brno
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Invictus » 29. 7. 2019, 18:37

Tiny bombs in your blood - Complement system
Kurzgesagt
https://www.youtube.com/watch?v=BSypUV6QUNw
Suprové video o kritické části imunitního systému o které jsem v životě neslyšel.
Iron Within
Iron Without

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 29. 7. 2019, 20:44

Ach ano, komplement.
Řešili jsme tady dříve adaptivní imunitu - protilátky a T-buněčné receptory, kromě ní máme ale svým způsobem důležitější složku imunity - vrozený imunitní systém. Ten je VELKÝ.

Obrázek
Pro čitelnější verzi: https://upload.wikimedia.org/wikipedia/ ... system.png

Komplement je to úplně nejhornější políčko (pro zajímavost, já dělám na cytokinech/chemokinech, co jsou ve stejné sekci a slouží primárně k signalizaci, jako tomu bylo i u jedné složky komplementu.)

Komplement je zajímavý v tom, že je to linie obrany fungující dost odlišně od všech jiných. Historická vsuvka: prastaří imunologové zjistili, že pokud nalijete krevní sérum k patogenům, tak krevní sérum je schopné zabíjet škodlivé organismy. Jako první se zjistilo, že existuje frakce stabilní při zahřátí, o té dnes víme, že jsou to protilátky. Kromě ní ale existuje ještě druhá, termolabilní (citlivá na zahřání), složka krevního séra, a ta se nazvala komplement.

Protilátky jsou extrémně efektivní, ale jsou cílené proti konkrétnímu cíli a trvá dlouho (dny až týdny), než se připraví. Komplement je méně specifický, ale zato je připraven vždy.

Detaily jsou relativně podrobně rozebrané v tom videu, ale je potřeba upozornit na jednu věc, která z toho možná není úplně jasná:

proteiny komplementu jsou v první řadě lepivé proteiny - nasedávají na úplně cokoli v krvi. Mohou být aktivovány cíleně, ale s jistou pravděpodobností se aktivují i samovolně, takže pokud se někde shromáždí ve větším množství, některý z nich se dřív či později odpálí a aktivuje ostatní, čímž označí to, na čem sedí, k záhubě, a pokud to má standardní membránu, tak ji dokonce proděraví i bez pomoci zbytku specializované imunity.

Buňky našeho těla jsou schopné (a musí) proteiny komplementu ze sebe průběžně shazovat a tím ukazují, že jsou tyto buňky jednak naše (protože to umí), jednak, že jsou zdravé a funkční. Cokoli, co touto kontrolou neprojde, je zničeno.

Takže je to jakýsi... komplement k tomu, co si člověk (jako třeba já) představuje pod "běžnou imunitou".
"Běžná imunita" funguje tak, že buňky imunitního systému aktivně hledají něco, co nerozpoznávají jako "vlastní", a to bez milosti zničí
Komplement útočí na všechno bez výjimky, ale "vlastní" struktury jsou schopné jej vypnout.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 21509
Registrován: 14. 7. 2004, 18:30

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Sosacek » 27. 8. 2019, 18:45

Faskale umis poznat, jestli je tohle kravina: https://www.bmj.com/content/329/7480/1447.long ?
And, for an instant, she stared directly into those soft blue eyes and knew, with an instinctive mammalian certainty, that the exceedingly rich were no longer even remotely human.
-- William Gibson, Neuromancer, 1984

Uživatelský avatar
midewiwin
Příspěvky: 3685
Registrován: 18. 12. 2006, 09:56

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od midewiwin » 28. 8. 2019, 07:28

Sosacek píše:
27. 8. 2019, 18:45
Faskale umis poznat, jestli je tohle kravina: https://www.bmj.com/content/329/7480/1447.long ?
Na Oslu, kde se tím zabývali, se tenkrát vyskytl i tenhle komentář:
Jeden doktor z Vojenské nemocnice propagoval jiný polymeal: cibule, chleba, špek a slivovice. Myslím, že pro naše podmínky je mnohem vhodnější, ten ze článku je vhodný spíše pro středomoří.
Čas neexistuje.

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 6. 9. 2019, 09:37

Kravina to není, protože to vyšlo v impaktovaném časopisu, prošlo to peer review a je to bohatě citováno 8)

Co se studovalo, je kouzlo násobení rizikových faktorů, které bylo použito v původní studii o polypilulce - paradigmatu, že kombinací faktorů, které snižují riziko něčeho, se dosáhne většího snížení rizika než u jednotlivých faktorů. Polypilulka je lék na snížení množství kardiovaskulárních chorob v populaci, a všichni mají nějaké riziko kardiovaskulárních chorob, ergo je žádoucí ji předepsat všem, přinejmenším všem nad určitý věk. Ať promluví wikipedie: "In this paradigm, doctors would in effect be treating population risk rather than individual risk factor thresholds as is current mainstream practice. So, if everyone were given a relevant kind of polypill, the average blood pressure and cholesterol levels in the population would fall, thus reducing overall population risk."

Kdybych měl dát nějaký příklad podobného přístupu, tak...
pokud osoba pije v hospodě pivo (ilustrační příklad), má zvýšené riziko, že večer přijde domů nalitá jak čolek, o 20%
pokud víno, o 30%,
pokud rum, o 40%
pokud vodku, o 50 %
už samotný fakt, že jde do hospody, je rizikový, proto voda v hospodě zvyšuje riziko o 10 %

Z těchto dat navrhuji polydrink(TM) skládající se z mixu vody, piva, vína, rumu a vodky, který zvyšuje riziko opilosti při návštěvě restauračního zařízení o 1,1*1,2*1,3*1,4*1,5=3,6; tedy o neuvěřitelných 360 %.

Na rozdíl od studie na polyjídlo, která využívala excelové tabulky na zpracování vstupních dat, jsem si vystačil s pouhou aplikací Kalkulačka*.

Důležité je uvést, že se jedná o riziko relativní. Ne každý člověk pijící pivo přijde domů jako čolek a dokonce ani konzumace polydrinku negarantuje diskutovaný efekt. Má "data", podobně jako data v původním článku, neoperují se změnou rizika při změně koncentrace jednotlivých složek, pouze berou v úvahu rizika určená pro jednotlivé složky aplikované samostatně v koncentraci, pro kterou byla změna rizika určena, a tato jednotlivá rizika násobí.

... je to prostě magie násobení faktorů snižujících riziko... a samozřejmě, že je to blbost. Aspoň podle autorů studie. Vyšlo to v časopisu BMJ (dříve British Medical Journal) a to v jeho Vánočním čísle, které typicky obsahuje různé absurdní studie (už jsme na to jednou v biolozíííííích! narazili a také se jednalo o "vítězství statistiky nad hmotou".)

Výběr z článku:
"Moreover, considering the disturbing adverse effects of garlic, we do not recommend taking the Polymeal before a romantic rendezvous, unless the partner also complies with the Polymeal."
"Adverse effects reported for garlic include malodorous breath and body odour.13 As garlic is destined for mass treatment, few people will still notice this after a while." (BMJ umožňuje komentáře. Shireen Rahim, Clinical Research Fellow, London, UK, k tomu trefně podotýká: "Hmmm...")
"Concerns might be raised about the validity of the source evidence and the multiplicative model used to calculate effects of the ingredients of the Polymeal. However, these are shared by the Polypill analyses, as we used a similar approach."
"Finding happiness in a frugal, active lifestyle can spare us a future of pills and hypochondria"
"The fortification of flour with Polypill ingredients (a statin, two antihypertensive drugs instead of three, folic acid, and aspirin) certainly merits further study. Redundant cardiologists could be retrained as Polymeal chefs and wine advisers."
conclusions píše:The preventive strategy outlined here is radical. But the “healthy person” is an outdated concept from the era before scientific prevention. We should recognise that in Western society we all have cardiovascular risk factors, so everyone is at risk, and the diseases they cause are common and often fatal. It may be argued that the Polypill is even more effective, but the Polymeal promises to be an effective, nonpharmacological, safe, and tasty alternative for reducing cardiovascular morbidity and increasing life expectancy in the general population.
Na MBJ jsou zajímavé mimo jiné právě ty komentáře, jeden člověk se tam zamýšlí nad tím, že zatímco v komentářích ten článek tak půl na půl vážně diskutují (byť často žertovným tónem) a napůl píší, že je to blbost, tak popularizační média to ve sto procentech případů berou jako vážný recept, načež komentátor vznáší otázku, kde se tedy stala chyba: https://www.bmj.com/content/329/7480/14 ... -responses

* Kalkulačka 10.1906.53.0 © 2019 Microsoft. Všechna práva vyhrazena.

tl;dr
je to satira
Vyšlo to na MBJ v rámci Vánočního čísla, které "... is published annually on the Friday before Christmas. This edition is known for research articles which apply a serious academic approach to investigating less serious medical questions."
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Uživatelský avatar
Sosacek
Příspěvky: 21509
Registrován: 14. 7. 2004, 18:30

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Sosacek » 7. 9. 2019, 09:29

Faskal píše:
6. 9. 2019, 09:37
(BMJ umožňuje komentáře. Shireen Rahim, Clinical Research Fellow, London, UK, k tomu trefně podotýká: "Hmmm...")
$D
And, for an instant, she stared directly into those soft blue eyes and knew, with an instinctive mammalian certainty, that the exceedingly rich were no longer even remotely human.
-- William Gibson, Neuromancer, 1984

Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 5295
Registrován: 9. 5. 2005, 20:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs » 3. 10. 2019, 11:09

Jaká je nejlepší metoda na extrakci DNA z gramnegativních bakterií? Vždycky jsem to udělal tak jak po mně chtěli (bo měli kit) a teď si můžu vybrat.
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!

Uživatelský avatar
Faskal
Příspěvky: 7754
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal » 3. 10. 2019, 11:28

Jak na co. Jestli chceš moc kvalitní DNA na biochemii, alkalickou metodu nic nepřebije.
Jestli ji chceš do buněk a potřebuješ ji bez endotoxinů, tak nějaký kit. Jaký, to je otázka za milion.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II.

Odpovědět

Zpět na „Realita a pseudorealita“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 host