BIOLOGOVÉ!!!!!

O lidech, o vztazích, o politice, o názorech, o opicích a o ufonech.

Moderátor: Faskal

Odpovědět
Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 9041
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal »

Obrázek

Ty vizualizace buněčných organel jsou čím dál hezčí.
Naznačuje to, jak šíleně je ta buňka nacpaná, i když ty věci nejsou ve stejném měřítku 8)

Popisky zde:
http://www.digizyme.com/cst_landscapes.html
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32253
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun »

Wow:)
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
Fritzs
Příspěvky: 6288
Registrován: 9. 5. 2005, 21:47
Bydliště: Brno

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Fritzs »

Tak ještě reálnou škálu, možnost zětšovat/zmenšovat a molekulu vody pro srovnání a bude to dokonalé.
-I don't suffer from insanity. I enjoy every minute of it.

-If violence isn't solving your problems then you aren't using it enough.

-Jestliže je hlad nejlepší kuchař, pak je smrt nejlepší lékař!
Uživatelský avatar
midewiwin
Příspěvky: 4815
Registrován: 18. 12. 2006, 09:56

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od midewiwin »

Nádhera.
To si přímo říká o nějakou obří plochu, třeba klenbu chrámu nebo tak něco.
Kam se hrabe Michelangelo.
Čas neexistuje.
Uživatelský avatar
boubaque
bubák; Moderátor
Příspěvky: 6642
Registrován: 2. 10. 2006, 19:49
Bydliště: Brno/Ostrava
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od boubaque »

Faskale, možnás to už tady někdy psal, ale mě tak napadlo...

Mají viry nějaký mechanismus, který jim umožňuje podpořit konvergenci genetické informace?

Ptám se jen ze zvědavosti a nepočítám s vyvozováním žádných závěrů. Ale říkal jsem si, že jeden exemplář viru má velmi malou šanci, že se uchytí a přenese na nového hostitele, protože se potřebuje namnožit na obrovské množství kopií, aby se dostal dál. K tomu mu, počítám, pomáhají další exempláře, které infikují stejného hostitele a množí se společně s tím prvním, až dohromady dosáhnou efektu (symptomy nemoci), který je přenese zase na nového hostitele. Pokud ale budou další exempláře odlišné (ať už vinou náhodných mutací, nebo záměrnou obměnou genetického kódu), můžou způsobovat u hostitele paralelní, nebo dokonce protichůdné symptomy.

A tak si říkám, že musí být výhodné udržovat si nějaký rezervoár geneticky příbuzných (shodných?) individuí, kteří budou (mít šanci) při infekci spolupracovat. A to ať už nějakou formou výměny genetické informace mezi individuy, anebo formou konzervativního ("bezchybového") kopírování. Je to tak, nebo jsou ty změny (mutace) tak malé, že to nehraje roli, a jednotlivé kmeny virů jsou ve skutečnosti už geneticky hodně vzdálené varianty?
Když se kácí les, lítají kopí — sv. Vojtěch
Bezejmenný hrdina (vlastnoruční komiks)
Hraju/vedu: D&D 5e, Svitky hrdinů, Příběhy Impéria
Další oblíbené hry: Primetime Adventures, Mountain Witch, Wushu
Vlastnoruční heartbreaker: Fossa (Fate to Old School System Adjustment)
Uživatelský avatar
Faskal
Moderátor
Příspěvky: 9041
Registrován: 20. 11. 2006, 20:59
Bydliště: Praha

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Faskal »

To je trochu filozofické, tak jsem si to musel rozmyslet. Na konci je tl;dr tohohle rantu.

Jeden ze směrů, jak nahlížet na živý svět, je optikou genocentrismu, neboli sobeckého genu. Podle tohoto (podle mě docela užitečného) paradigmatu je nutné rozlišovat dvě konceptuálně odlišné roviny živých bytostí, a to replikátor a vehikl.

Replikátor je soubor informací, který se udržuje v čase svým kopírováním.

Vehikl je nástroj, který replikátor využívá ke svému udržení v čase.

Zajímavou vlastností je, že vehikl je z důvodů biologických limitací (relativně) ohraničená entita (virion, včela, člověk), vehikl je také ale schopen ovlivňovat své okolí, což se projevuje jako tzv. rozšířený fenotyp. (V klasické genetice je genotyp soubor genů, fenotyp jejich projevů na jedinci.)

Názorný příklad je včelí společenstvo. Replikátor je zde replikován královnou a trubci, kteří slouží jako vehikl pro samotné množení. Zároveň jsou ale v úlu dělnice, které jsou také vehikly toho původního replikátoru a pomáhají mu se přenést. I když se ony samotné nerozmnoží, nejsou replikátory, pomáhají replikátoru, který je zakódoval a zapsal se "přechodně" do nich, se efektivněji přenést. Rozšířený fenotyp jsou zde mimo jiné plástve, protože jejich stavění je geneticky zakódováno a jejich tvorba umožňuje vehiklům/replikátorům přežít období nedostatku, i když nejsou součástí jejich těl. Zajímavým meziproduktem toho, že si replikátor skrze svůj vehikl zajišťuje přežívání, jsou všechny ty opylené kytky kolem.

Lidé jsou touto optikou také zajímaví, protože jejich rozšířený fenotyp zahrnuje kulturu, což je nástavba nad genetickou informaci, která je schopná se také šířit. Takže náboženství je zde replikátor, uctívači jsou jejím vehiklem a replikace DNA je v tomto případě spíše nezajímavá technikálie vehiklu.

Virus ve smyslu infekční nukleové kyseliny je replikátor, virion, tedy virová částice, je vehikl. Řada virů musí ke svému šíření poškozovat hostitele, takže horečka a kašel hostitele je rozšířený fenotyp viru. Zajímavé je, že teoreticky jediný virus stačí k infekci hostitele, k vyvolání rozšířeného fenotypu ale jediný nestačí, k tomu jich musí víc "spolupracovat". Nemusí to pochopitelně dělat vědomě, stačí, aby všechny dělaly to samé a množily se. Za předpokladu, že jsou všechny stejné, tak stačí, že se přenese kterýkoli z nich, ostatní budou vehikly zajišťující rozšířený fenotyp pro šťastlivý replikátor, který se přenesl.

Replikátory jsme zevrubně (slušně řečeno) řešili v jedné šílené diskuzi: https://rpgforum.cz/forum/viewtopic.php?f=216&t=13214

Samozřejmě to není úplně růžové a vede se lítý boj o to, kdo se rozmnoží, protože zdroje jsou limitované. Existuje nepřeberné množství popsaných způsobů, jak mezi sebou jednotlivé linie bojují, obzvláště, pokud je možné rozlišit příbuzné (příbuznější) a nepříbuzné (méně příbuzné). Hodně je to vidět u interakce s imunitou - viry chřipky se například navzájem vytlačují, nové generace trypanozom nechávají napospas staré a podobně.
Nahlédl jsem do literatury (která je obrovská), zřejmě i u virů platí, že spíše podobné si pomáhají, a čím jsou odlišnější, tím je větší šance si škodit. Přece jenom pokud se virion potřebuje dostat ven kašlem, bude si spíš pomáhat se svou zmutovanou kopií, co dělá něco podobného, než s virem, co se šíří úplně jinak - tam hrozí, že budou dělat například horečku a jinak všechno naopak a tím jenom zabijí hostitele a s ním i sebe.

V rámci druhů virů vznikají příbuzné, lehce zmutované kvazidruhy s krásnou terminologií*: Viral quasispecies refers to a population structure that consists of extremely large numbers of variant genomes, termed mutant spectra, mutant swarms or mutant clouds." Kvazidruhy existují na všech úrovních evoluce, ale u virů jsou vidět nejvíc, protože mají malý genom a vysokou mutační rychlost, takže mají řadu jedinců, co se mezi sebou třeba i dramaticky liší a nejvíc je tomu tak u RNA virů, co většinou (výjimkou jsou třeba koronaviry) nemají opravnou aktivitu při replikaci svého genomu. Tím pádem v nakaženém jedinci existuje nepřeberné množství variant replikátorů a statisticky se jenom málokterému podaří rozšířit se dál. Díky tomu je v principu nemožné mluvit o jednom "konkrétním" viru, vždy se přirozeně šíří směska více či méně příbuzných jedinců. Na zevrubnou analýzu je pak potřeba použít složité bioinformaciké analýzy, odkazovaný článek například zmiňuje "QUasispecies Evolution, Network-based Transmission Inference, QUENTIN".
Pro daný virion může znamenal mít kolem sebe zmutovaný virion prakticky cokoli. Článek dokládá případy, kdy si viry pomáhají, škodí nebo třeba kdy jeden použije druhý jako vzor pro svou opravu.
Při šíření z hostitele na hostitele se přenese jenom malá část původní populace virů, možná trochu kontraintuitivně se tímto způsobem zachovávají vzácnější, typicky nějak rozbité varianty, které by v nekonečném čase byly v jednom hostiteli eventuálně vytlačeny nerozbitými. Udržovat si variabilitu je přitom důležité, protože to umožňuje prudce reagovat na měnící se podmínky.

Nakousl jsem, že se viry mohou navzájem použít jako vzory pro svou opravu. K tomu dochází procesem rekombinace. Genetická informace je založená na DNA/RNA a obě molekuly jsou přinejmenším v části svého životního cyklu dvouvláknové s vzájemně komplementárními vlákny. Dvouvláknové molekuly umožňují, aby se jednotlivá vlákna zaměnila a buď se vyloženě vymění, nebo se jedno přepíše podle druhé, viz https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_recombination
U koronavirů, co je řešíme vedle, je dobře vidět, jak u netopýrů dochází k rekombinaci mezi příbuznými druhy koronavirů, co je napadají, k nám přeskočil jenom jeden z nich a vypadá, že koronaviry způsobující běžné nachlazení jsou příliš nepříbuzné, než aby k rekombinaci mohlo dojít.

V případě segmentovaných virů, jako je třeba chřipka, je tohle dotažené k dokonalosti, protože genom tohoto viru je ve více blocích. Do virové částice se vždy balí všechny bloky. Pokud ale dojde k současné infekci dvěma různými chřipkovými viry, není kontrola nad tím, který segment z kterého viru bude nakonec zabalený a pro přenos se zabalí náhodný mix segmentů.

Tolik k náhodným mutacím, viry jsou ovšem svině zlodějské. Protože nemají vlastní metabolismus, ale jsou odkázané na hostitele, tak jsou schopné ukrást gen, vložit jej do sebe a on bude fungovat, protože nový hostitel jej rozpozná. Řada virů způsobujících rakovinu funguje právě tímto způsobem, ukradly si gen, který rozhazuje buněčný cyklus hostitele a teď jej s chutí zneužívají. Dalším zajímavým jevem je bakteriální internet. Řada bakteriofágů v rámci svého životního cyklu zaleze do genomu bakterie, a když vyleze, často si s sebou vezme i balast, který přenese do nového hostitele, což je zodpovědné za znepokojivou schopnost bakterií mutovat.

Každopádně, viry jsou ve své evoluci z velké části limitované tím, že - kromě rekombinace - nevyužívají náš největší objev, sex. Už jsme to trochu nakousli při otázce mnohobuněčnosti. Sex, a obecně předávání genetické informace, umožňuje outsourcovat mutování a hledání nových variant někomu jinému. Zatímco nepohlavně se množící organismy jdou v evoluci každý za sebe, u pohlavně se rozmnožujících se organismů nemá takový smysl sledovat jedince (to jsou nějaké nezajímavé vehikly), ale jejich populace, které mezi sebou sdílí pool genů. Díky tomu jsou schopny pohlavně se rozmnožující organismy prozkoumávat evoluční možnosti pomocí masivní paralelizace. Má to samozřejmě svoje mouchy, zatímco pokud nepohlavně se rozmnožující organismus objeví dobrou mutaci, má ji hned, v populaci pohlavně množících se jedinců musí nejdříve prorazit a platí, že čím menší je daná populace, tím větší je vliv náhody a menší vliv přirozeného výběru. Rekombinace virů dokáže něco podobného, ale dělá to neřízeně, až se dva dostatečně příbuzné viry potkají v jedné buňce. Pohlavně se rozmnožující organismy jiného partnera vyhledávají cíleně.

Jinak, jediná smysluplná biologická škatulka je "druh", což je populace jedinců, co je schopna se mezi sebou pohlavně rozmnožovat. U nepohlavně se rozmnožujících organismů narážíme na to, že definice nefunguje a radikální jedinci tvrdí, že každý jedinec je v takovém případě vlastní mikrodruh.
Každopádně, kmeny virů jsou typicky definovány z našeho pohledu (typicky sérotypy podle toho, jestli na ně reaguje imunita identicky nebo ne), z pohledu viru mohou být rozdíly mezi kmeny minimální

Edit (vskutečnosti ne)
Poměrně častá nepřesnost je vnímat evoluci jako proces, co má cíl, neřku-li vůli. Například v knize Kmen Andromeda nebo ve hře Pandemic je to hezky ilustrované. Intuitivně vnímáme "virus" ne jako soubor nezávislých replikátorů, ale jako jakýsi ideální organismus; víc to měli promyšlené vitalisté. V obou zmíněných příkladech je adaptace patogenů popsána tak, že své vlastnosti mění všichni jedinci najednou, reálně ale jakákoli změna dokáže ovlivnit pouze a výhradně zasažené populace, které - pokud změna dodává dostatečnou selekční výhodu - postupně vytlačí ostatní.

* https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31622336/

tl;dr přímé odpovědi na otázky
viry jako nepohlavně se rozmnožující organismy jednou každý sám za sebe, nicméně jsou schopné si své informace předávat metodou rekombinace - jsou si schopny si kusy genetické informace vzájemně prohodit.

viry potřebují být v mnoha kopiích a jednotlivé kopie, obzvlášť u některých skupin virů, bohatě mutují a často se vyskytují jako směs různě mutovaných jedinců. V literatuře jsou zdokumentované případy toho, jak si různé mutace pomáhají, škodí nebo se doplňují v závislosti na typech mutace.

pro viry je výhodné udržovat si v populaci různě mutované kopie (a tvořit mutant swarms), což jim dodává plasticitu v odpovědi. Do značné míry nehledí na to, že je každý trochu jiný a chovají se jako populace příbuzných jedinců se stejným zájmem.
... ano, chtěl jsem zničit svět. Ale ne takhle.
Staré zápisy z her, aktuálně: Tannhäuserova brána - Claudius II, Karak - Erbald.
Uživatelský avatar
boubaque
bubák; Moderátor
Příspěvky: 6642
Registrován: 2. 10. 2006, 19:49
Bydliště: Brno/Ostrava
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od boubaque »

Faskal píše: 11. 12. 2020, 23:21 ...
Moc díky za odpovědi i obšírný výklad k tomu! (A omlouvám se za pozdní reakci, nechtěl bych působit nevděčně, zvlášť když sis s tím dal tolik práce.)

Takže si to může přeložit tak, že většina* mutací nemá podstatný vliv na společnou "funkci", tj. způsob ovlivnění hostitele, i když různé mutace můžou jít v důsledku proti sobě? A že nějaká genetická konvergence může probíhat pomocí té rekombinace, ale má to spíš malý vliv?

* (tady schválně nic není)

EDIT:
Poměrně častá nepřesnost je vnímat evoluci jako proces, co má cíl, neřku-li vůli.
Chápu, ale moje otázka vlastně vycházela z uvědomění tohohle. Tedy že velká divergence v genu (která se, počítám, u rychlosti rozmnožování virů zjevně musí dít) by měla způsobovat i velkou divergenci v symptomech, a tím i "problém" pro jednotlivé "nemoci".
Když se kácí les, lítají kopí — sv. Vojtěch
Bezejmenný hrdina (vlastnoruční komiks)
Hraju/vedu: D&D 5e, Svitky hrdinů, Příběhy Impéria
Další oblíbené hry: Primetime Adventures, Mountain Witch, Wushu
Vlastnoruční heartbreaker: Fossa (Fate to Old School System Adjustment)
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32253
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun »

https://www.respekt.cz/kontext/nejstars ... F8z79cklug

- pochbný zdroj, ale eqalussuaqové za to stojí:)
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
midewiwin
Příspěvky: 4815
Registrován: 18. 12. 2006, 09:56

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od midewiwin »

Vallun píše: 10. 1. 2021, 19:13 https://www.respekt.cz/kontext/nejstars ... F8z79cklug

- pochbný zdroj, ale eqalussuaqové za to stojí:)
Pochybný zdroj?
Once I gave up the hubristic belief we could ‘save the world’ I realized the real implication of Darwin’s theory and of Gaia theory: Our purpose on this planet is to play, responsibly, sustainably, lovingly, joyfully, with each other, as part of all-life-on-Earth. To have fun. Now, at last, that is what I do.
Ten Pollard zřejmě není úplně blbej.
Čas neexistuje.
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32253
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun »

Tím myslím respekt....poslední dobou dokáže publikova ti naprosté šílenosti nebo vulgarity...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
OnGe
malý zelený křečopažout
Příspěvky: 13205
Registrován: 5. 2. 2010, 09:27
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od OnGe »

Hranice šílenosti se poslední dobou značne posunula. Skoro bych řekl, že všichni z týhle kapely se zbláznili - a kdo se s náma namočí, tomu jebne taky.
OnGe tu není, je tu jenom Zuul
Uživatelský avatar
midewiwin
Příspěvky: 4815
Registrován: 18. 12. 2006, 09:56

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od midewiwin »

Vallun píše: 11. 1. 2021, 14:38 Tím myslím respekt....poslední dobou dokáže publikova ti naprosté šílenosti nebo vulgarity...
Myslíš ty Zemanovy karikatury?
Nebo něco jiného?
Já v Respektu čtu jen to, co pustí volně na net. Šílenosti ani vulgarity /kromě zmíněné Reisenauerovy neúcty k hlavě státu/ tam nezaznamenávám. Kupuju ho jen výjimečně, tak nevím.
Čas neexistuje.
Uživatelský avatar
Vallun
Příspěvky: 32253
Registrován: 14. 5. 2008, 10:40
Bydliště: Velká Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od Vallun »

No, já čtu taky jen to, co ke mne propadne na netu...

Ale přišlo mi, že dopřává dost prostoru antivax názorum...
Pokud chce někdo slyšet jen "ano" nebo "ne", tak jej nezajímá odpověď.
Eru je jediný Bůh a Tolkien je jeho prorok.
Non sub hominem,sed sub ius.
Pravda a láska zvítězí nad lží a nenávistí.
Nejsem odborník ve smyslu § 5 odst. 1 O.Z.
Uživatelský avatar
komi
Příspěvky: 665
Registrován: 17. 8. 2012, 19:07

Re: BIOLOGOVÉ!!!!!

Příspěvek od komi »

Měla bych tu dotaz ohledně buněčného ... zdrcávání? slévání? ....prostě opak dělení. Jsem vůbec netušila, že něco takového nějak běžněji existuje, kromě nějakých houbových či hlenkových avantgard. Pak jsem ale narazila na to, že mitochondrie se umí dělit a zase slívat dohromady a po několika slívání mají v sobě už slušnou hromádku kopií DNA. Tak mi vrtalo v hlavě, jestli to uměly i v době, kdy ještě byly svobodné, neschlamstnuté a nezotročené bakterie. Jenže když jsem zabrousila do nějakého slívání bakterií, tak tam na mě spíš všude vyskakovalo jejich předávání informací, kdy jedna do druhé šoupne pilus a pošle jí jen nějaký kousek informace.

Dělají nějaké bakterie i to, že by se fakt spojily a zase rozdělily?

Pak mě překvapila wikipedie, když prohlásila, že:
Cell fusion occurs during differentiation of muscle, bone and trophoblast cells, during embryogenesis, and during morphogenesis. Cell fusion is a necessary event in the maturation of cells so that they maintain their specific functions throughout growth.
Celé svalové vlákno jako jedna vícejaderná, u člověka klidně 40 centimetrová megabuňka slitá z mnoha! Jen se chudinky už nemohou pak už dělit. To je fakt husté. Můj podvyživeně vypadající synek měl strašnou radost, když se dozvěděl, že má stejně nebo více svalových buněk, než kde který kulturista.

A prý covid umí takto zdrcávat takto buňky v plicních sklípcích.

Když bariéra v placentě, která je taky zdrclost buněk, je dáreček od virů, není možné, že i ty slité buňky ve svalech jsou taky dárek zvenčí?
Odpovědět

Zpět na „Realita a pseudorealita“

Kdo je online

Uživatelé prohlížející si toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 4 hosti